生物表面活性劑促進有機污染物降解的作用機理、其與降解菌株及底物的相互作用關系都還不甚清楚。雖然生物表面活性劑促進了微生物降解，但它們也有一些抑制因素，如有些表面活性劑濃度達到CMC以上時就對微生物有毒性，有些生物表面活性劑的膠粒能干擾細胞過程。生物表面活性劑也能作為一種優先碳源，與有機污染物的降解形成競爭，從而導致污染物降解率下降。此外表面活性劑還可能造成微生物數量的分散而導致不同的結果。這些作用機理都需要深入探究。?

發酵法生產生物表面活性劑的優點在于生產費用低、種類多樣和工藝簡便等，便于大規模工業化生產，但產物的分離純化成本較高。

與微生物發酵法相比，酶法合成的表面活性劑分子多是一些結構相對簡單的分子，但同樣具有優良的表面活性。其優點在于產物的提取費用低、次級結構改良方便、容易提純以及固定化酶可重復使用等，且酶法合成的表面活性劑可用于生產高附加值產品，如藥品組分。盡管現階段酶制劑成本較高，但通過基因工程技術增強酶的穩定性與活性，有望降低其生產成本。? 

許多化學合成表面活性劑由于難降解、有毒及在生態系統中的積累等性質而破壞生態環境，相比之下，生物表面活性劑則由于易生物降解、對生態環境無毒等特性而更適合于環境工程中污染治理。如：在廢水處理工藝中可作為浮選捕收劑與帶電膠粒相吸以除去有毒金屬離子，修復受有機物和重金屬污染的場地等。

采用發酵法生產時，生物表面活性劑的種類、產量主要取決于生產菌的種類、生長階段，碳基質的性質，培養基中N、P?和金屬離子Mg2+、Fe2+的濃度以及培養條件（pH、溫度、攪拌速度等）。?如Davis等在成批培養枯草芽孢桿菌時發現，在溶解氧耗盡和限氮條件下可得zui大濃度（439.0?mg/L）的莎梵婷。Kitamoto等利用南極假絲酵母的休止細胞生產甘露糖赤蘚糖醇脂，對培養條件進行優化后，zui高產量可達140?g/L。