在食品工業中生物表面活性劑可作為食品添加劑。卵磷脂和它的衍生物、含甘油的脂肪脂、山梨聚糖、乙烯乙二醇、甘油單酸酯的衍生物，以及近來合成的低聚肽，都在食品工業中廣泛用作乳化劑。乳化劑不僅在分散中發揮作用，也對產品形成合適的粘度和質地有很大作用。

表面活性物質也應用于大麥和肉制品中，它們能影響面粉的流變特性，乳化部分破碎的脂肪組織；一種由產朊假絲酵母（Candida utilis）產生的新的生物乳化劑在色拉調味上有潛在的應用價值；Busscher等發現牛乳嗜熱鏈球菌產生的表面活性劑可阻止產異味的嗜熱鏈球菌增殖，因而可用于巴氏滅菌器熱交換板中異味的控制；蔗糖酯可應用于冷凍飲料、七克力、糖果、糕點、面包、蛋糕等中。

生物表面活性劑符合功能性食品和綠色食品添加劑的要求，可應用在功能性食品中，在人類崇尚健康至上的今天乃至將來，必將成為一種廣泛應用的食品添加劑。用生物表面活性劑修復被烴類和原油污染的土壤是一種新技術。如用綠膿假單孢菌產生的鼠李清除了阿拉斯加砂礫層的大量的油。VanDyke等發現，從污染的砂土和泥漿中，用綠膿假單孢菌產生的鼠李糖脂可使烴類的回收率分別提高25%~70%和40%~80%。相似的，用綠膿假單孢菌產生的生物表面活性劑處理砂土，可分別使脂肪旋烴類和芳香族烴類的回收率達56%和73%。 

生物表面活性劑也可乳化烴類和水的混合液，這個特性可顯著增加烴類的降解，有在漏油管理的潛在應用價值。人們已從水中分離到能降解碳氫化合物的微生物：銅綠假單孢菌（Pseudomonas aeruginasa）SB30產的一種乳化劑能迅速將油分散為小滴，可在海灘除污中有所作為；Dave等近來發現，石油化學工業漏出的油對土壤的污染，能用可降解烴類的微生物來進行生物修復；Deziel等報道了綠膿假單孢菌19SJ可通過利用多環芳香族烴類產生生物表面活性劑。

生物表面活性劑也可用在污染有鈾、鉻和鉛等毒性重金屬的地點進行生物修復。生物表面活性劑還有抗生素作用和在白細胞中抑制人類免疫缺陷病毒生長的作用；紅串紅球菌產生的琥珀酰-海藻糖脂可抑制皰疹病毒和流行性感冒病毒。

磷脂系生物表面活性劑已廣泛用做醫藥乳化劑，肺表面活性劑是呼吸所必須的成分，許多嬰幼兒很小時因體內缺乏這種表面活性劑導致呼吸困難甚至夭折；肺蛋白無性繁殖的成功為這一表面活性劑在醫療領域的大規模生產應用提供了可能。